La empresa Isomorphic Labs ha presentado oficialmente IsoDDE, una avanzada plataforma orientada al diseño de fármacos mediante inteligencia artificial. Este desarrollo marca un progreso sustancial respecto a AlphaFold 3, que hasta ahora se consideraba el modelo líder en la predicción de estructuras de carácter biomolecular.
De acuerdo con los reportes técnicos y el equipo de especialistas de la organización, IsoDDE permite la planificación de medicamentos con una velocidad y exactitud nunca antes vistas. Este avance tiene el potencial de transformar radicalmente la manera en que se desarrollan nuevas opciones terapéuticas para diversas enfermedades.
Superando los límites de AlphaFold 3
El modelo AlphaFold 3, creado por Google DeepMind y presentado en el año 2024, supuso un cambio global en la predicción de estructuras proteicas y complejos moleculares. Sus aplicaciones llegaron a investigaciones en más de 190 países, permitiendo entender interacciones vitales para la farmacología. No obstante, Isomorphic Labs señaló que este sistema tenía dificultades para generalizar en entornos moleculares inéditos, es decir, con moléculas que no formaban parte de su base de datos original, limitando su efectividad en el diseño práctico de medicinas.
Este obstáculo fue el motor para el nacimiento de IsoDDE, desarrollada por la filial de Alphabet Inc. La empresa detalla en su informe técnico que:
“Hemos desbloqueado un nuevo paradigma de precisión predictiva en el entendimiento del mundo biomolecular”
. La nueva herramienta utiliza arquitecturas innovadoras y protocolos de entrenamiento que facilitan la predicción en sistemas biológicos que no han sido caracterizados o que poseen compuestos muy distintos a los conocidos.
Uno de los puntos fuertes de IsoDDE es su capacidad para predecir estructuras de proteína-ligando y proteína-proteína con un nivel de precisión sumamente alto, incluso en los escenarios más intrincados que superaban las capacidades de las tecnologías anteriores.
Las evaluaciones técnicas comparativas demuestran que IsoDDE duplica la tasa de éxito de AlphaFold 3 en la predicción de estructuras dentro del exigente desafío Runs N’ Poses. De hecho, IsoDDE logra un 50% de efectividad en sistemas completamente nuevos para el algoritmo, lo que representa un incremento superior a los 26 puntos porcentuales frente a su antecesor.
Avances en afinidad molecular y anticuerpos
La plataforma también ha logrado resolver uno de los mayores problemas de la química computacional: predecir de forma cuantitativa la afinidad de unión entre diferentes moléculas.
Los expertos de Isomorphic Labs recalcan que IsoDDE estima afinidades de unión para pequeñas moléculas con una precisión que supera a los métodos físicos tradicionales, como FEP, lográndolo además en una mínima parte del tiempo y con menores costos asociados. Esto agiliza la optimización de compuestos y disminuye la necesidad de realizar pruebas de laboratorio costosas durante la fase de descubrimiento.
Asimismo, IsoDDE ofrece mejoras críticas para el diseño de tratamientos biológicos de alta complejidad. Esto es evidente en la predicción de interfaces anticuerpo-antígeno y el modelado de la región CDR-H3 de los anticuerpos. Según las cifras de la compañía, IsoDDE multiplica por 2,3 la tasa de precisión en interfaces de anticuerpos frente a AlphaFold 3, y alcanza una superioridad de hasta 19,8 veces respecto al modelo Boltz-2.
El hito del receptor cereblon
Un caso de estudio relevante es el del receptor cereblon, una proteína fundamental para marcar y eliminar proteínas defectuosas en el organismo. Por más de 15 años, la ciencia trabajó bajo la premisa de que solo existía un sitio de unión modulable.
Sin embargo, gracias a hallazgos experimentales recientes se detectó un nuevo sitio críptico difícil de localizar. Utilizando únicamente la secuencia de aminoácidos, IsoDDE fue capaz de predecir con exactitud tanto la ubicación del sitio ya conocido como la del nuevo sitio oculto, todo esto sin contar con información previa de ligandos. El informe técnico destaca al respecto:
“Por primera vez, podemos identificar sitios de unión novedosos incluso en ausencia de un ligando conocido”
.
Este hito abre la posibilidad de atacar objetivos terapéuticos que antes se consideraban inalcanzables. La detección automatizada de IsoDDE es superior a herramientas previas como P2Rank, logrando reducir el tiempo de identificación de semanas a solo segundos.
Finalmente, los datos de la industria indican que IsoDDE mantiene una correlación sobresaliente con resultados de laboratorio en seis grandes familias de proteínas, superando tanto a métodos físicos como a otros modelos de inteligencia artificial en los indicadores estándar del sector.
La visión a largo plazo de Isomorphic Labs es integrar medicamentos diseñados totalmente por IA en ensayos clínicos. Para ello, ya han establecido alianzas estratégicas con potencias farmacéuticas como Novartis y Eli Lilly. En palabras del equipo técnico:
“IsoDDE supone un cambio en las herramientas disponibles para comprender y modular sistemas moleculares en el cuerpo humano, acelerando la generación de futuras terapias”
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