Desde el 20 de octubre de 2024, el defensor y capitán Luis Fernando León estuvo fuera del campo tras sufrir la ruptura del ligamento cruzado anterior de su rodilla izquierda durante un Clásico contra Barcelona SC. La lesión requirió cirugía artroscópica con reconstrucción del ligamento y anclaje meniscal, lo que lo dejó de baja por lo que restaba de esa temporada . El procedimiento fue exitoso, pero implicó un proceso de recuperación estimado entre cinco y seis meses, excluyéndolo enormemente del arranque de la LigaPro 2025 .
Durante los meses siguientes, León se sometió a rehabilitación intensiva que incluyó fisioterapia, fortalecimiento muscular y trabajo de readaptación física. En febrero de 2025, el director técnico Jorge Célico confirmó que su recuperación tomaba un poco más de tiempo en comparación con otros lesionados del plantel, debido a la complejidad de la operación . A mediados de marzo, se le vio presente en el estadio Capwell apoyando a sus compañeros, evidenciando su rol de líder y la importancia que tiene para el grupo, aun sin estar activo en la cancha .
El 18 de mayo de 2025 marcó un hito en su rehabilitación: tras 210 días sin jugar, Luis Fernando León fue convocado por primera vez para un partido oficial con Emelec, estando en el banco de suplentes en el clásico del Astillero . De cara al segundo semestre, confirmó en abril que esperaba estar «al cien» y dispuesto para volver a competir en la segunda etapa del torneo, tras completar el trabajo de gimnasio y comenzar a reincorporarse en entrenamientos con balón . Su regreso es visto como clave para fortalecer el eje defensivo y aspirar a los objetivos del año.
